مهدی محمدی قنبرلو¹، مژگان رایگانی ²، مهرداد آرایی نژاد ³ ، *محمدعلی شکرگزار ¹

1. بانک سلولی ملی ایران، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران.
2. مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران.
3. گروه پزشکی مولکولی، مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات: mashokrgozar@pasteur.ac.ir و shokrgozar1967@gmail.com

چکیده:

روش کریسپر فناوری قدرتمندی است و مهندسی سیستم های کریسپر کس (CRISPR-Cas) وسیله‌ای برای ویرایش ساده، دقیق، انتخابی و کارآمد توالیDNA  در هر موقعیت خاص از ژنوم فراهم کرده است. این توانایی برای درک عملکرد ژن، مهندسی رفتارهای سلولی و گسترش درمان ضروری می باشد. سیستم CRISPR-Cas9 نوع II متداول‌ترین سیستمی است که برای ویرایش ژنوم استفاده می‌شود. این مجموعه ریبونوکلئوپروتئینی از یک DNA اندونوکلئاز (Cas9) و دو RNA، CRISPR RNA (crRNA) و transacting RNA (tracrRNA) تشکیل شده است. متعاقبا، کشف nuclease-dead Cas molecules (dCas9) بستری برای کنترل دقیق عملکرد ژنوم بدون ویرایش ژن را ارائه داد. در این مقاله مروری به معرفی پیشرفت های تکنیک CRISPR/dCas9 و کاربردهای آن در حوزه مهندسی ژنوم و بیان ژن و نیز بهبود روش های آن پرداخته شده است.

کلمات کلیدی: CRISPR/dCas9، ویرایش ژنوم، مهندسی بیان

دانلود متن کامل مقاله

CRISPR/dCas9 Approaches for Engineering Gene Expression

Mehdi Mohammadi Qanbarlou ¹, Mozhgan Raigani ², Mehrdad Arainejad ³, *Mohammad Ali Shokrgozar ¹

1. National Cell Bank of Iran, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran.

2. Biotechnology Research Center, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran.

3. Department of Molecular Medicine, Biotechnology Research Center, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran.

*Correspondence email: mashokrgozar@pasteur.ac.ir and shokrgozar1967@gmail.com

Abstract                                                                                  

CRISPR is a powerful technology and the CRISPR-Cas9 system has provided a new tool for simple, precise, selective and easy to use genetic engineering of any different DNA targets of the genome. This ability is essential for understanding gene function, engineering cell behaviors, and developing therapies. The type II CRISPR-Cas9 system is the most commonly used for genome editing. This ribonucleoprotein complex consists of a DNA endonuclease (Cas9) and two RNAs, CRISPR RNA (crRNA) and transacting RNA (tracrRNA). Subsequently, the discovery of nuclease-dead Cas molecules (dCas9) provided a platform for precise control of genome function without gene editing. In this review article, the advances of CRISPR/dCas9 technique and its applications in the field of genome engineering and gene expression, as well as the improvement of its methods, have been discussed.

Keywords: CRISPR/dCas9, genome editing, expression engineering

Download Paper

رامین شکری­پور^1*، علی محمد احدی²، زهرا زمان­زاده¹، رامش رنجبر³

۱- گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی اصفهان، اصفهان، ایران.

۲- گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران.

3- گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، شهرکرد، ایران.

^* پست الکترونیک مسئول مکاتبات: Shokripour.ramin@gmail.com

چکیده

بیماری صرع یک اختلال سیستم عصبی مرکزی (اختلال نورولوژیکی) است که در آن فعالیت سلول‌های عصبی در مغز مختل شده و منجر به تشنج می‌گردد که طی آن رفتار، علائم و احساسات غیرطبیعی از جمله از دست رفتن هوشیاری رخ می‌دهد. طبق اعلام سازمان بهداشت جهانی بیش از 50 میلیون نفر در سراسر جهان مبتلا به صرع هستند. داروهای زیادی هستند که در درمان این بیماری مؤثرند، فنیتوئین یکی از رایج‌ترین این داروها است. مصرف داروی فنیتوئین و داروهای مشابه که برای درمان صرع مورد استفاده قرار می‌گیرد می‌توانند اثرات چشمگیری در روند تمایز تخمدان و مشکلات بعدی به وجود آورند.

در این مطالعه برای اولین بار پیشنهاد می‌کنیم که مصرف فنیتوئین با توجه به بیان ژن‌های مهم در تکوین تخمدان و باروری جنس ماده مد نظر قرار گیرد و در روند درمان داروهای جایگزین که اثرات جانبی کمتری رو تمایز جنسی یا جنسیت جنین مادرانی که مبتلا به صرع بوده و از این نوع داروها استفاده می‌کنند در نظر گرفته شود.

کلمات کلیدی: صرع، فنیتوئین، RSPO1، SF،  LIF

دانلود متن کامل مقاله

Keywords: Epilepsy, Fanitoid, RSPO1, SF, LIF

Download Paper

* پست الکترونیک مسئول مکاتبات: nourim@yahoo.com

چکیده:

ناباروري يكي از مشكلاتي است كه داراي تبعات اجتماعي مختلفي مي باشد. شدت ناباروري در جوامع مختلف حدود 10تا 15% زوجها را شامل مي شود و تقريباً 45% علت هاي ناباروري در اين زوج ها مربوط به فاكتور مردانه مي باشد. ناباروری در مردان علت های مختلفی دارد که یکی از علل شناخته شده آن استرس اكسيداتيو می باشد. گلوتاتیون پراکسیداز از جمله پروتئین های دارای سلنیوم می باشند که سلنیوم به صورت سلنوسیستئین در ساختار آنها قرار می گیرد. این آنزیم یکی از مهمترین آنزیم های آنتی اکسیدانی درگیر در سیستم باروری مردان می باشد.
مشخص شده است که در افراد نابارور میزان گلوتاتیون پراکسیداز کاهش می یابد. هدف از این مطالعه مروری بررسی علل مختلف ناباروی در مردان به ویژه آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز3 و چند شکلی های آن در مردان بارور و نابارور می باشد.

کلمات کلیدی:باروری، ناباروری، گلوتاتیون پراکسیداز، استرس اکسیداتیو

دانلود متن کامل مقاله

Investigating factors involved in oxidative stress from a genetic point of view in male infertility

Milad Pournasir¹, *Mohammed Nouri²

1.       Department of Molecular Genetics, Ahar Branch, Islamic Azad University, Ahar, Iran

2.       Department of Reproductive Biology, Faculty of Advanced Medical Sciences, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran

* Correspondence email: nourim@yahoo.com

Abstract:

Infertility is one of the problems that has various social consequences. The severity of infertility in different societies includes about 10 to 15% of couples, and approximately 45% of the causes of infertility in these couples are related to the male factor. Infertility has many causes, one of which is oxidative stress. Glutathione peroxidase is one of the moderators with selenium, and selenium can be placed in the form of selenocysteine in their structure. This enzyme is one of the most important antioxidant enzymes involved in the male reproductive system.

It has been found that glutathione peroxidase levels decrease in infertile people. The purpose of this review study is to investigate the various causes of infertility in men, especially glutathione peroxidase 3 enzyme and its polymorphism in fertile and infertile men.

Keywords: fertility, infertility, glutathione peroxidase, oxidative stress

Download Paper

*  رامین شکری­پور¹، رامش رنجبر¹

1. گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی، اصفهان، ایران

* پست الکترونیک مسئول مکاتبات: Shokripour.ramin@gmail.com

چکیده

زمینه و هدف: سرطان کلورکتال یا روده­ی بزرگ دومین سرطان کشنده و سومین سرطان شایع در جهان بعد از سرطان پروستات در مردان، سرطان پستان در زنان و سرطان ریه می­باشد، تشخیص داده شده است که این سرطان در مردان شیوع بیشتری نسبت به زنان دارد. سرطان کلورکتال از معدود سرطان­هایی است که غربالگری، تشخیص زودرس و درمان به موقع می­تواند به طور قابل توجهی آن ­را کنترل کند. در نتیجه آشنایی با این سرطان، شناسایی عوامل ایجاد کننده، تشخیص، درمان و… بسیار حائز اهمیت است که در این مقاله به این موضوع پرداخته شده است.

روش بررسی: این پژوهش یک مطالعه­ی مروری است و در این پژوهش از بانک‌های اطلاعاتی ایرانی و خارجی همچون PUBMED، NCBI و … برای جمع‌آوری اطلاعات استفاده شده است.

یافته‌ها: طبق یافته­های به ­دست آمده افزایش سرطان روده­­ی بزرگ در کشورهای پیشرفته در حال افزایش است و این موضوع ناشی از افزایش روزافزون جمعیت، عادات غذایی نامطلوب مدرن و افزایش عوامل خطرزا مانند سیگار کشیدن، ورزش بدنی کم و چاقی است.

نتیجه‌گیری: طبق مطالعات و مستندات به دست آمده عوامل محیطی و ژنتیکی نقش عمده­ای در پاتوژنز سرطان روده­ی بزرگ دارند. همچنین نقش تغذیه در سرطان روده مورد بررسی قرار گرفته است و نتایج نشان  می­دهد  که تغذیه عامل مؤثر در ابتلا و یا محافظت در برابر این سرطان به حساب می­آید. همچنین میزان مرگ و میر ناشی از سرطان روده­ی بزرگ به دلیل اقدامات مؤثر غربالگری سرطان کاهش یافته است، در نتیجه رعایت عوامل محیطی مثل تغذیه در پیشگیری و غربالگری­ها در کاهش مرگ و میر ناشی از این سرطان اهمیت دارد.

کلمات کلیدی: سرطان کلورکتال، شیوع سرطان، مطالعات اپیدمیولوژیک

دانلود متن کامل مقاله

Genetic factors involved in colorectal cancer

* Ramin Shokripour¹, Ramesh Ranjbar

1. Department of Biotechnology, Faculty of Biological Sciences and Technology, Shahid Ashrafi University of Isfahan, Isfahan, Iran.

* Correspondence E-mail: Shokripour.ramin@gmail.com

Abstract

Background and objective: Colorectal cancer is the second deadliest cancer and the third most common cancer in the world after prostate cancer in men, breast cancer in women and lung cancer, which is more common in men than women. Colorectal cancer is one of the few cancers that screening, early diagnosis and timely treatment can significantly control. Therefore, familiarity with this cancer, identifying the causative agents, diagnosis, treatment, etc. is very important. This article addresses this issue.          

Method: This research is a review study and, in this research, Iranian and foreign databases such as PUBMED, NCBI, etc. have been used to collect information.

Results: According to the findings, the increase in colorectal cancer is increasing in developed countries.  This is due to the growing population, modern unfavorable eating habits and increased risk factors such as smoking, low physical activity and obesity.

Conclusion: According to studies and documents, environmental and genetic factors play a major role in the pathogenesis of colon cancer. The role of nutrition in colon cancer has also been studied and the results indicate that it is an effective factor in creating or protecting against this cancer. Also, the mortality rate from colon cancer has decreased due to effective cancer screening measures, so it is important to observe environmental factors such as nutrition in prevention and screening to reduce mortality from this cancer.

Keywords: Colorectal cancer, Cancer prevalence, Epidemiological Studies

Download Paper

*رامش رنجبر¹، رامین شکری­ پور¹

1. گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی، اصفهان، ایران

* پست الکترونیک مسئول مکاتبات: Ranjbar.Ramesh@gmail.com

چکیده

زمینه و هدف: نزدیک‌بینی یکی از عیوب انکساری است، که موجب تاری دید در مشاهده­ی اجسام دور می‌شود. این اختلال شایع‌ترین اختلال چشمی انسان در جهان و یک مشکل قابل توجه در بهداشت عمومی است، زیرا با افزایش خطر از دست دادن بینایی همراه است. در این مطالعه به بررسی موردی این بیماری و نقش ژنتیک در این اختلال می‌پردازیم.

روش بررسی: این پژوهش یک مطالعه­ی مروری است و در این پژوهش از بانک‌های اطلاعاتی ایرانی و خارجی همچون PUBMED، NCBI و … برای جمع‌آوری اطلاعات استفاده شده است.

یافته‌ها: براساس یافته‌های به دست آمده بسیاری از ژن‌هایی که با عیوب انکساری چشم انسان ارتباط دارند می‌توانند در شبکه‌های بیولوژیکی مشترک قرار گیرند. بزرگترین مجموعه­ی این ژن‌ها در رشد بافت همبند و سازمان‌دهی مجدد ماتریکس خارج سلولی نقش دارد. این گروه شامل ژن‌هایی است که متالوپروتئینازهای ماتریس، فاکتورهای رشد و گیرنده‌های فاکتور رشد و کلاژن‌ها را کد می‌کنند.

نتیجه‌گیری: طبق مقالات بررسی شده و مستندات به دست آمده و با توجه به مطالعات وراثت‌پذیری، ثابت شده است نزدیک‌بینی معمولاً به صورت غالب به ارث می‌رسد. افراد مبتلا به نزدیک‌بینی شدید با خطر از دست دادن بینایی همراه با سایر مشکلات جدی چشم روبرو هستند؛ بنابراین خانواده‌هایی با سابقه نزدیک‌بینی شدید باید تحت بررسی‌های ژنتیکی جهت بررسی میزان احتمال ابتلاء جنین به این اختلال قرار گیرند.

کلمات کلیدی: نزدیک‌بینی، بیان ژن، عیوب انکساری

دانلود متن کامل مقاله

The Role of Genetics in Myopia

*Ramesh Ranjbar¹, Ramin Shokripour¹

1. Department of Biotechnology, Faculty of Biological Sciences and Technology, Shahid Ashrafi University of Isfahan, Isfahan, Iran.

* Correspondence E-mail: Ranjbar.Ramesh@gmail.com

Abstract

Background and objective: Nearsightedness (Myopia) is one of the problems caused by refractive errors of the eye, which causes blurred vision when looking at distant objects. This disorder can be considered one of the most common human eye disorders and public health that can even lead to vision loss. In this study, we will examine the role of genetics in causing this disorder.

Method: This research is a review study and Iranian and foreign databases such as PUBMED, NCBI, etc. have been used to collect information in this research.

Results:  Many of the genes that cause refractive errors in the eye can be grouped in one group.  The largest set of these genes plays a key role in the growth of connective tissue and the reorganization of the extracellular matrix. This set includes genes that encode matrix metalloproteinases, growth factors and growth factor receptors, and collagens.

Conclusion:  According to the reviewed articles and the obtained documents, Inheritance studies have shown that myopia is a common inherited disease. People with severe myopia are mostly at risk for vision loss and other eye problems.  Therefore, families with a history of myopia should undergo genetic testing to assess their likelihood of developing the disorder.

Key words: Myopia, gene expression, Refractive errors

 

* رامین شکری پور¹، علی محمد احدی²، رامش رنجبر¹

1.       گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید اشرفی اصفهانی، اصفهان، ایران.

2.       گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات:  shokripour.ramin@gmail.com

چکیده

زمینه و هدف: بیماری صرع یک اختلال سیستم عصبی مرکزی (اختلال نورولوژیکی) است که در آن فعالیت سلول‌های عصبی در مغز مختل شده و منجر به تشنج می‌گردد که طی آن رفتار، علائم و احساسات غیرطبیعی از جمله از دست رفتن هوشیاری رخ می‌دهد. طبق اعلام سازمان بهداشت جهانی بیش از 50 میلیون نفر در سراسر جهان مبتلا به صرع هستند. داروهای زیادی هستند که در درمان این بیماری مؤثرند. در حال حاضر، بیش از 25 دارو مجاز به عنوان نسل اول، دوم یا سوم جهت کنترل این بیماری وجود دارد. این داروهای قوی ممکن است با تأثیر بر روی جنین منجر به عوارضی از جمله عدم رشد تخمدان و ناباروری شود و در خانم‌هایی که در هنگام بارداری این داروها را مصرف می‌کنند، ممکن است فرزندی نابارور داشته باشند. ناباروری حدود 15% از بیماران جامعه را در بر می‌گیرد، لذا مطالعات مربوط به آن حائز اهمیت است. بدین جهت در این مقاله به بررسی تأثیر داروهای ضدصرع بر تکوین تخمدان و ژن‌های کلیدی اثرگذار در تکوین تخمدان پرداخته شده است.

روش بررسی: این پژوهش یک مطالعه مروری است و در این پژوهش از بانک‌های اطلاعاتی ایرانی و خارجی همچون PUBMED، NCBI و… برای جمع­آوری اطلاعات استفاده شده است.

یافته‌ها: براساس یافته‌های به دست آمده تکوین تخمدان شامل تعامل مداوم محیط و فاکتورهای ژنتیکی است و ژن‌های بسیاری در تکوین تخمدان مؤثرند. تحقیقات نشان داده داروهای ضدصرع بر بیان ژن‌های مؤثر در تکوین تخمدان تأثیرگذار است و منجر به تکوین نامناسب تخمدان جنین و اختلال ژنتیکی تخمدان مانند تخمدان پلی کیستیک و… می‌شوند.

نتیجه گیری: طبق مقالات بررسی شده و مستندات به دست آمده تکوین تخمدان مستلزم مکانیسم‌ها و ژن‌های مختلفی است و باتوجه به اثر داروهای ضدصرع بر بیان ژن‌های دخیل در تکوین تخمدان مصرف داروهای ضدصرع جهت جلوگیری از به وجود آمدن اختلالات تخمدان و ناباروری در جنین در مادران باردار و شیرده باید طبق مطالعات و با ارزیابی­های بیشتری مصرف شود.

کلمات کلیدی: داروهای ضد صرع، تکوین تخمدان، بیان ژن، ناباروری

دانلود متن کامل مقاله

Study of Antiepileptic Drugs Effect on Infertility, Ovarian Development and Related Genes

* Ramin Shokripour ¹, Ali Mohammad Ahadi ², Ramesh Ranjbar ¹

1. Department of Biotechnology, Faculty of Biological Sciences and Technology, Shahid Ashrafi University of Isfahan, Isfahan, Iran.

2. Department of Genetics, Faculty of Life Sciences, Shahrekord University, Shahrekord, Iran.

* Correspondence E-mail: shokripour.ramin@gmail.com

Abstract

Background and Objective: Epilepsy is a disorder of the central nervous system (neurological disorder) in which the activity of nerve cells in the brain is disrupted and leads to seizures during which abnormal behavior, symptoms and feelings occur, including loss of consciousness. According to the World Health Organization, more than 50 million people worldwide have epilepsy. There are many drugs that are effective in treating this disease. There are currently more than 25 first- generation, second- generation or third-generation drugs available to control the disease. These potent drugs may affect the fetus of women undergoing treatment, leading to complications such as ovarian failure and infertility. Sterility covers 15% of patients in the community, so studies related to it are important. Therefore, in this article, the effects of antiepileptic drugs on ovarian development and key genes affecting ovarian development have been investigated.

Methods: This research is a review study. In this regard, Iranian and foreign databases such as PUBMED, NCBI, etc. have been used to collect information.

Findings: Based on the findings, ovarian development involves the constant interaction of environment and genetic factors and many genes are effective in ovarian development. Research has shown that antiepileptic drugs affect the expression of genes effective in ovarian development and lead to fetal ovarian development and genetic ovarian disorders such as poly ovaries.

Conclusion: According to the reviewed articles and documents obtained, ovarian development requires different mechanisms and genes and due to the effect of antiepileptic drugs on the expression of genes involved in ovarian development, this drug should be used according to studies and with more evaluations to prevent ovarian disorders and infertility in the fetus in pregnant and lactating mothers.

 Keywords: Antiepileptic drugs, ovarian development, gene expression, infertility

امیر شمس^4,3، محمد حسین بیگی³، حامد قمی³، فرزاد سید فروتن^1،2، علیرضا صبوری¹، * امید ایروانی¹

1. مرکز تحقیقات پزشکی قانونی، سازمان پزشکی قانونی کشور، تهران، ایران.
2. مرکز تحقیقات ژنتیک پزشکی ژنوم، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
3. مرکز تحقیقات مواد پیشرفته، دانشکده مهندسی مواد، واحد نجف آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، نجف آباد، ایران.
4. گروه ژنتیک پزشکی، پژوهشکده زیست فناوری پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات: om_iravani@yahoo.com

چکیده

با توجه به انواع مختلف شواهد موجود در صحنه جرم، انتخاب یک روش جهانی برای تشخیص اولیه برای تعیین اینکه چه نمونه برای جمع آوری و مستند سازی برای انجام انگشت نگاری ژنتیک بیشتر مفید خواهد بود رو به پیشرفت می باشد. ردیابی مایعات بدن یک فرم حیاتی از شواهد قانونی است که اطلاعاتی در مورد مضنونان و قربانیان بالقوه ارائه می دهد. در این راستا بررسي وجود يا عدم وجود DNA کافی در نمونه هاي ارسالي به آزمايشگاه هاي پزشکي قانوني از اهمیت بالایی برخوردار است همچنین در برخی موارد محدودیت در میزان نمونه ارسالی و زمان جواب دهی آن از اهمیت بالایی برخوردار خواهد بود. اخیرا در آزمایشگاه های پیشرفته پزشکی قانونی دنیا مانند آمریکا، طیف سنجی فوریه مادون قرمز (FT-IR) به عنوان تکنیکی برای تجزیه و تحلیل غیرمخرب ترکیب شیمیایی از لکه های بیولوژیکی بکار می رود. ازین رو در مطالعه حاضر، در ابتدا امکان سنجی تشخیص میزان DNA نمونه های ارسالی به پزشکی قانونی اصفهان به وسیله طیف سنجی فوریه مادون قرمز مورد بررسی قرار گرفته و پس از اثبات امکان پذیر بودن آن حساسيت اين تست با آزمون های فعاليت آنزيم اسيد فسفاتاز(AP)، آنتي ژن اختصاصي پروستات PSA) و(P30  تشخیصی مورد استفاده در پزشکی قانونی مورد مقایسه قرار گرفت. با توجه به نتایج گرفته شده از مطالعات قبلی؛ روش طیف سنجی مادون قرمز می تواند نتایج مشابه یا در بعضی موارد که نمونه ها با مایعات دیگر بدن مخلوط نشده است نتایج قابل اعتمادتری نسبت به تست اسید فسفاتاز داشته باشد زیرا از ۱۲ نمونه گرفته شده با این روش ۹ مورد وجود مایع منی را با یقین ۲ نمونه به دلیل همپوشانی پیک های گرفته از مخلوط مایعات بدن بر روی پارچه مانند مایع واژینال یا خون مشکوک و ۱ نمونه نیز قابل تشخیص نبوده اند. اما در مقایسه با تست آنتی ژن اختصاصی پروستات تست طیف سنج مادون قرمز از حساسیت کمتری برخوردار می باشد زیرا هیچ نتیجه مشکوکی در این تست مشاهده نشده است. می توان گفت مهمترین نکته در مزیت تست فوریه مادون قرمز در پزشکی قانونی طول مدت زمان گذشته شده از نمونه مورد آزمایش است که اهمیت بالایی ندارد و پیک های استاندارد گرفته شده از نمونه در زمانهای مختلف از یک روز تا ۵ ماه یک الگوی پراش مشخص را نشان میدهد. این نکته میتواند کمک قابل توجهی به برای کشف نمونه مایع منی یا دیگر مایعات بدن بروی سطوح در زمانهای مختلف گذشته پس از وقوع جرم صورت پذیرد. همچنین با دستگاه مادون قرمز میتوان کمترین مقادیر مایعات که داخل و یا بر روی نمونه ها وجود دارد را آنالیز نمود و از وجود آن آگاهی یافت.

 کلمات کلیدی

طیف سنجی فوریه مادون قرمز، انگشت نگاری ژنتیک، اسپرم، مایع منی، آنالیز جرم‌شناسی

دانلود متن کامل مقاله

Detection of Sperm in Spots Left at the Crime Scene by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) for Genetic Fingerprint

Amir Shams ^3,4, Mohammad Hossein Beigi ³, Hamed Ghomi ³, Farzad Seyed Forootan ^1,2, Alireza Sabouri ¹, * Omid Iravani ¹

1.        Legal Medicine Research Center, Legal Medicine Organization, Tehran, Iran.

2.        Genome Medical Genetics Research Center, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran.

3.        Advanced Materials Research Center, Faculty of Materials Engineering, Najafabad Branch, Islamic Azad University, Najafabad, Iran.

4.        Department of Medical Genetic, Medical Biotechnology Research Institute, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran.

* Correspondence email: om_iravani@yahoo.com

امیر شمس^4,3، محمد حسین بیگی³، حامد قمی³، فرزاد سید فروتن^1،2، علیرضا صبوری¹، * امید ایروانی¹

1. مرکز تحقیقات پزشکی قانونی، سازمان پزشکی قانونی کشور، تهران، ایران.
2. مرکز تحقیقات ژنتیک پزشکی ژنوم، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
3. مرکز تحقیقات مواد پیشرفته، دانشکده مهندسی مواد، واحد نجف آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، نجف آباد، ایران.
4. گروه ژنتیک پزشکی، پژوهشکده زیست فناوری پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات: om_iravani@yahoo.com

چکیده

امروزه استخراج DNA یک روش مرسوم در بیولوژی مولکولی و آنالیزهای جرم‌شناسی است. به منظور استخراج دی ان ای، انواع مختلفی کیت  وجود دارد که در زمان کمتر، امکان استخراج و انتخاب صحیح DNA را فراهم می‌کنند. کیفیت DNA استخراج شده و میزان ناخالصی های موجود در آن از عوامل بسیار مهم در آنالیز های پزشکی قانونی می باشند. در آنالیزهای جرم‌شناسی بهترین و خالص ترین DNA مورد نیاز بوده و از اینرو نیاز به تولید یک کیت بسیار دقیق با بازده استخراج بسیار بالا که بتواند از انواع بافت های مختلف DNA را استخراج نماید، وجود دارد.

در این طرح سعی بر آن شده که با بهینه سازی روش ستونی استخراج DNA ، کیتی بومی مطابق با نیاز های آنالیز های پزشکی قانونی در کشور تولید شود.از آن جا که این کیت ها موجب  50 درصد صرفه جویی ارزی می شوند، به عنوان تولید داخل و بی نیازی به خارج از کشور در حوزه پزشکی قانونی معرفی شده اند. نمونه اولیه این کیت ها برای 100 بار آزمایش استفاده می شود و تاریخ انقضای 2 ساله دارد.

سازمان پزشکی قانونی به عنوان استفاده کننده اصلی از این کیت آزمایشگاهی با در نظر گرفتن استاندارد های کمی و کیفی ارائه شده توسط تولید کننده و مقایسه آن با کیت های مشابه خارجی از جمله کیت شرکت کیاژن کیفیت این محصول را ارزیابی خواهد کرد. امید است با تولید این کیت گام مهمی در راستای خود کفایی در کشور بر داشته شود.

کلمات کلیدی

استخراج DNA، کیت استخراج، انگشت نگاری ژنتیک، واکنش  PCR، آنالیز جرم‌شناسی

دانلود متن کامل مقاله

Localization and optimization of DNA extraction kit for PCR reaction for genetic fingerprinting

Amir Shams ^3,4, Mohammad Hossein Beigi ³, Hamed Ghomi ³, Farzad Seyed Forootan ^1,2, Alireza Sabouri ¹, * Omid Iravani ¹

1.        Legal Medicine Research Center, Legal Medicine Organization, Tehran, Iran.

2.        Genome Medical Genetics Research Center, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran.

3.        Advanced Materials Research Center, Faculty of Materials Engineering, Najafabad Branch, Islamic Azad University, Najafabad, Iran.

4.        Department of Medical Genetic, Medical Biotechnology Research Institute, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran.

* Correspondence Email: om_iravani@yahoo.com

AbstractToday, DNA extraction is a common method in molecular biology and criminological analysis. In order to extract DNA, there are different types of kits that allow the correct extraction and selection of DNA in less time. The quality of the extracted DNA and the amount of impurities in it are very important factors in forensic analysis. Criminological analysis requires the best and purest DNA, and therefore requires the production of a highly accurate kit with very high extraction efficiencies that can extract DNA from a variety of different tissues.In this project, we try to optimize the columnar method of DNA extraction to produce a native kit in accordance with the needs of forensic analysis in the country. Since these kits save 50% of currency, as a production Inside and without the need to go abroad have been introduced in the field of forensic medicine. The prototype of these kits is used for 100 tests and has an expiration date of 2 years.The forensic medicine organization as the main user of this laboratory kit will evaluate the quality of this product by considering the quantitative and qualitative standards provided by the manufacturer and comparing it with similar foreign kits, including the Kiagen company kit. It is hoped that with the production of this kit, an important step will be taken towards self-sufficiency in the country.KeywordsDNA extraction, extraction kit, genetic fingerprinting, PCR reaction, forensic analysisDownload Paper

فرزاد سید فروتن^1،2، امیر شمس^4,3، علیرضا صبوری¹، * آزاده حسن پور^1،5

1.       مرکز تحقیقات پزشکی قانونی، سازمان پزشکی قانونی کشور، تهران، ایران.

2.       مرکز تحقیقات ژنتیک پزشکی ژنوم، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.

3.       گروه ژنتیک مولکولی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه دولتی شهرکرد، شهرکرد، ایران.

4.       گروه سلول های بنیادی و پزشکی بازساختی، پژوهشکده زیست فناوری پزشکی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران.

5.       گروه زیست شناسی، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، واحد اشکذر، دانشگاه آزاد اسلامی، یزد، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات: azadeh.hasanpour@gmail.com

چکیده

آنیوپلوئیدی­های کروموزومی شایع شامل تریزومی 21 (سندرم داون)، تریزومی18 (سندرم ادوارد)، تریزومی 13 (سندرم پاتو)، مونوزومی XO (سندرم ترنر) و XXY(سندرم کلاین فلتر) می باشند. از طرف دیگر سقط­های خودبخودی در سه ماهه اول بارداری شایع بوده ودر 50% موارد اساس آن­ها اختلالات کروموزومی بوده و در %5-2 موارد تکرار خواهند شد. در حال حاضر روش­های تشخیصی این آنیوپلوئیدی ها در دوران جنینی و یا بعد از تولد بر پایه کاریوتایپ سنتی استوار بوده که حداقل زمانی حدود 15 روز به طول می انجامد. از فوائد استفاده از STR ها در مطالعات مولکولی و در جستجوی اختلالات کرموزومی، قابلیت تکثیر پذیری این توالی­ها می باشد. برای مثال قابلیت تکثیرپذیری همزمان تعدادی، حساسیت و اختصاصیت و قابلیت آنالیز حجم بالایی از اطلاعات با حداقل هزینه و زمان از محاسن استفاده ازSTR  می باشند.در این طرح قابلیت استفاده از توالی های کوتاه تکرار شونده در غربالگری آنیوپلوئیدی های کروموزومی شایع، براساس نتایج آزمایشات مبتلایان به سندرم داون اعتبار سنجی گردید. پس از اخذ رضایت نامه از ولی قانونی  25 نفر از مراجعین به پزشکی قانونی مبتلابه سندرم داون، نمونه خون مبتلایان برروی کاغذ FTA ذخیره شد، سپس از نمونه های خون استخراج  DNAگردید و پس از PCR با کیت Amp F STR Identifier و الکتروفورز موئینه پروفایل STR حاصله بررسی گردید. وجود سه آلل مختلف  STRدر لوکوس D21S11 در 21 مورد از مبتلایان مشاهده گردید.  استفاده از این تکنیک در غربالگری سریع آنیوپلوئیدی های کروموزومی در بارداری و همچنین در جنین های سقط شده  نیز قابل تعمیم خواهد بود.

کلمات کلیدی

تشخیص آنیوپلوئیدی، سندرم داون،  آنالیز سقط جنین، توالی های کوتاه تکرار شونده، واکنش  زنجیره پلیمراز

دانلود متن کامل مقاله

Early detection of chromosomal aneuploidy in miscarriage and aborted embryos referred to forensic genetics’ laboratories by STR sequence analysis

Farzad Seyed Forootan ^1,2, Amir Shams ^4,3, Alireza Sabouri ¹, * Azadeh Hassanpour ^1,5

1. Legal Medicine Research Center, Legal Medicine Organization, Tehran, Iran.

2. Genome Medical Genetics Research Center, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran.

3. Department of Molecular Genetics, Faculty of Basic Sciences, Shahrekord State University, Shahrekord, Iran.

4. Department of Stem Cells and Reconstructive Medicine, Medical Biotechnology Research Institute, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran.

5. Department of Biology, Medical Biotechnology Research Center, Ashkdez Branch, Islamic Azad University, Yazd, Iran.

* Correspondence email: azadeh.hasanpour@gmail.com

Abstract

The most common aneuploidies include chromosome 21 trisomy (Down syndrome), chromosome 18 trisomy (Edward syndrome), chromosome 13 trisomy (Down syndrome), chromosome 21 trisomy (Patau syndrome), chromosome X monosomy (Turner syndrome) and Klinefelter syndrome (XXY). On the other hand, spontaneous abortion is common in the first trimester which in the 50% of cases are based on chromosomal abnormalities and may repeated in 2-5% of next pregnancies. Nowadays, screening and diagnostic test for such aneuploidies in fatal period or neonatal phase are based on traditional karyotype which at least 15 days to develop. One of the benefits of applying short tandem repeats (STRs) in molecular studies and screening of chromosomal abnormalities, is the capability of reproducibility of this sequence. Synchronize reproducing capability in multiple loci, high sensitivity and specificity and capability of the analysis of huge data with less burden and time, are some of the impacts of STR application in the screening of chromosomal abnormalities. In this study, the validity of applying STRs for screening of common chromosomal aneuploidy (Down syndrome) have been assessed using data from affected people. After getting the letter of satisfaction from each case next of kin, blood samples from 25 Down syndrome clientele who have been admitted in Isfahan legal medicine department, have been saved on FTA cards. DNA has been extracted from blood samples which then amplified using Amp F STR Identifier kit with PCR. Resultant STR profiles have been visible using ABI capillary electrophoresis and have been analyzed by Gene-Mapper software. Presence of three different alleles in D21S11 locus has been reported in 21 cases out of 25. Application of this technique in rapid screening of chromosomal aneuploidies during pregnancy and also in aborted fetus can be extended.

Keywords

Diagnosis of aneuploidy, Down syndrome, Abortion analysis, STR, PCR

Download Paper

مریم یزدچی¹  فاطمه بهروزنژاد¹  *آزاده حسن پور^2و3

1. گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه دولتی شهرکرد، شهرکرد، ایران.
2. گروه زیست شناسی، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، واحد اشکذر، دانشگاه آزاد اسلامی، یزد، ایران.
3. مرکز تحقیقات پزشکی قانونی، سازمان پزشکی قانونی کشور، تهران، ایران.

*پست الکترونیک مسئول مکاتبات: azadeh.hasanpour@gmail.com

چکیده

تا به امروز، سلول های بنیادی مختلف بالغی در حفره ی دهان شناسایی شده اند، از جمله سلول های بنیادی پالپ دندان ،سلول های بنیادی فولیکول دندانی ، سلول های بنیادی پاپیلا آپیکال، سلول های بنیادی رباط پریودنتال و سلول های بنیادی مزانشیمی از لثه. همه ی این سلول ها دارای پتانسیل عصبی هستند و از سلول های ستیغ عصبی در دوران جنینی منشا گرفته اند که می توان از آنها در سلول درمانی و نقص سیستم عصبی که امروزه به یک چالش بزرگ تبدیل شده استفاده کرد.  یکی از پرکاربردترین این سلول ها ، سلول های بنیادی پالپ دندانی است که پتانسیل ذاتی بالایی برای تمایز به عصب دارد. این سلول ها دردسترس ترین و دور ریختنی ترین منابع هستند و به علت شخصی سازی این سلول ها مشکلات رد پیوند را هم به همراه ندارد. علاوه بر این مطالعات زیادی در زمینه ی استفاده ی این سلول ها در تولید داروها و غربالگری های دارویی عصبی انجام شده است. مطالعات زیادی بر روی تمایز عصبی سلول های بنیادی دندان انجام شده که در این مقاله مروری کوتاه بر این پروتکل ها خواهیم داشت.این پروتکل ها نه تنها توسط محیط کشت تعریف می شوند بلکه محیط حاوی محیط پایه به علاوه فاکتورهای رشد، مولکولهای کوچک و سایر مکمل های کشت ، همچنین با استفاده از پوششهای زیر لایه / سطحی، وجود مراحل مختلف کشت، کل دوره کشت ،تراکم کشت اولیه و اینکه آیا شکل کروی / نوروسفر برای بازآرایی استفاده شده برای محیط تمایز عصبی سه بعدی است که به طور طبیعی از نظر فیزیولوژیکی در داخل بدن است. به امید اینکه با مطالعات بیشتر در زمینه ی القای عصب بتوان امیدی در راه درمان بیماری های نقص سیستم عصبی پیدا کرد.

کلمات کلیدی

سلول های بنیادی دندان، تمایز عصب ، پروتکل عصبی، پتانسیل عصبی

دانلود متن کامل مقاله

An Overview of Protocols for the Neural Induction of Dental and Oral Stem Cells In Vitro

Maryam Yazdchi¹ Fatemeh Behroznejad¹ * Azadeh Hasanpour^2,3

1. Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Shahrekord University, Shahrekord, Iran.
2. Department of Biology, Medical Biotechnology Research Center, Ashkdez Branch, Islamic Azad University, Yazd, Iran.
3. Forensic Medicine Research Center, Forensic Medicine Organization, Tehran, Iran.

*Correspondence E-mail: azadeh.hasanpour@gmail.com

Abstract

To date, various adult stem cells have been known in the oral cavity, including dental pulp stem cells, dental follicle stem cells, papillary apical stem cells, periodontal ligament stem cells, and gingival mesenchymal stem cells. All of these cells have nerve potential and are derived from embryonic stem cells in the embryo, which can be used in cell therapy and nervous system defects, which has become a major challenge today. One of the most widely used of these cells is the dental pulp stem cells, which have a high innate potential for neuron differentiation. These cells are the most accessible and disposable resources and due to the personalization of these cells do not cause transplant rejection problems. In addition, many studies have been performed on the use of these cells in the production of drugs and neurological drug screening. Many studies have been done on the neural differentiation of dental stem cells, and in this article, we will have a brief overview of these protocols. These protocols are not only defined by the culture medium but also the medium containing the base environment desirable growth factors, small molecules and others. Culture supplements, also using substrate/surface coatings, the presence of different culture stages, the total culture period, the initial culture density, and whether the spherical/neutrosphere shape for rearrangement used for the three-dimensional neural differentiation medium is naturally the physiological view is in vivo. Hopefully, with further studies on nerve induction, hope can be found in the treatment of diseases of the nervous system.

Keywords

Dental pulp stem cells, neuron differentiation, neuron protocol, neuron potential

Download Paper